May mga nagsasabing namatay siya sa digmaan taong 1541-1542 pero may mga nagsasabi namang nakatakas siya at 'di nagtagal ay namatay na lamang dahil sa sakit o sa sugat na natamo nito. May nagsasabing ang pumatay kay lapu lapu ay isang espanyol na dayuhan lang dito sa ating bansa. May alamat din na si Lapu-lapu ay hindi namatay bagamat naging bato at itinapon sa dagat. Pinaka katuwa-tuwa sa lahat ng mga hinuha ay ang pumatay daw kay lapu-lapu ay ang mga mangingisda.
