Itinatag ang royal audencia noong Mayo 5, 1583. Binubuo ito ng isang presidente, apat na oidores (mahistrado), at isang piskal. Noong panahong iyon, magkasabay na isinagawa ng audencia ang tungkuling administratibo at hudisyal. Taong 1815, binago ang tungkulin at estruktura ng royal audencia nang ginawang Punong Mahistrado ang presidente at dinamihan ang bilang ng mga mahistrado. Kinilala ito bilang Audencia Territorial de Manila na may dalawang sangay, ang sibil at kriminal. Isang dekretong royal ang inilabas noong Hulyo 24, 1861 na ginawang purong lupong hudisyal ang Audencia, kung saan maaari lamang iapela ang mga hatol nito sa Korte ng España sa Madrid. Isang audencia territorial sa Cebu, at audencia para sa mga kasong kriminal sa Vigan ang nilikha naman noong Pebrero 26, 1898.
