Ang Rizal Shrine ay isang tipikal na
bahay na bato na hugis-parihaba.Ang mas mababang bahagi ay gawa sa adobe bato
at ladrilyo, habang ang itaas na bahagi ay binubuo ng matigas na kahoy. Ang
orihinal na interior na sahig ng bahay ay natuklasan sa panahon ng
pagbabagong-tatag at ginagamit. Ito ay may sliding windows na ginawa ng capiz
shells. Ang panlabas na pader ay kulay berde (orihinal na puti) at ang bubong
ay itinayo ng red ceramic tile.
Sa
Hunyo 2009, ang National Historical Institute (ngayon ay National Historical
Commission ng Pilipinas) iniutos ang repainting upang i-highlight ang kahulugan
ng apelyido ni Rizal.