Ang Rizal Shrine ay isang tipikal na bahay na bato na hugis-parihaba.Ang mas mababang bahagi ay gawa sa adobe bato at ladrilyo, habang ang itaas na bahagi ay binubuo ng matigas na kahoy. Ang orihinal na interior na sahig ng bahay ay natuklasan sa panahon ng pagbabagong-tatag at ginagamit. Ito ay may sliding windows na ginawa ng capiz shells. Ang panlabas na pader ay kulay berde (orihinal na puti) at ang bubong ay itinayo ng red ceramic tile.
Sa Hunyo 2009, ang National Historical Institute (ngayon ay National Historical Commission ng Pilipinas) iniutos ang repainting upang i-highlight ang kahulugan ng apelyido ni Rizal.
