Ang mga ilegal na gawain ng mga tao ay isang malaking banta sa natural na kapaligiran ng bansang ito. Ang Agrikultura, panggugubat at urbanisasyon ay naging kontribusyon sa pagkasira ng kagubatan, bakawan at iba pang palagong ecosystem sa bansa. Ang ilang tanawin at ecosystem ay nabago dahil sa paggawa ng mga kalsada at iba pang inprastraktura. Gayunpaman, naglunsad ng organisasyon ang pamahalaan ng Malaysia upang mapreserba at maprotektahan ang buhay ng mga halaman at hayop sa bansa.
