Ang lokasyong ganap ng Japan ay 35° 41' N, 139° 41' E sa kabisera ng Tokyo, 34° 23' N, 132° 27' E sa Hiroshima, 31° 22' N, 130° 32' E sa Kiire at sa Sapporo ay 43° 3' N, 141° 21' E.
Ang Japan ay nasa magkaparehong Hilaga and silangang bahagi, at nakaposisyon ito sa silangang baybayin ng Asia, silanga ng Korean Peninsula. Ito ay ihinihiwalay ng Philippine sea, East China Sea, Sea of Japan (East Sea, Sea of Okhotsk at Hilagang bahagi ng Karagatang Pasipiko. (relatibon lokasyon)
