Tulad ng Pilipinas, maraming bansa rin ang sumakop sa Malaysia. Ang mga ito ay ang Portugal, Netherlands at England. Pangunahing layunin ng mga nanakop na bansa ang pagkontrol sa mga sentro ng kalakalan. Bukod sa kalakalan, sinubukan din ng mga Portuges na palaganapin ang Kristiyanismo sa mga daungan na kanilang nasakop subalit hindi sila nagtagumpay dahil sa malakas na impluwensiya ng Islam sa rehiyon. Samantala, hindi gaano naimpluwensiyahan ng mga bansang Netherlands at England ang kultura ng Malaysia. Maraming katutubo ang naghirap dahil sa pagkontrol ng mga nabanggit na bansa sa mga sentro ng kalakalan sa Malaysia.
Unang sinakop ng mga Portuges ang Malacca na bahagi ng Malaysia noong 1511 sa pamumuno ni Alfonso de Albuquerque gamit ang malakas na kanyon at barkong pandigma. Istratehiko ang lokasyon nito dahil malapit ito sa Strait of Malacca. Inagaw ng Netherlands sa pamamagitan ng Dutch East India Company ang Malacca mula sa mga Portuges. Dahil dito nagkaroon ng monopolyo sa pangangalakal ng mga pampalasa ang Dutch. Subalit dahil sa Napoleonic Wars, napasakamay ng England ang Malacca. Noong panahon na iyon, naghahanap ang England ng maayos na daungan para sa mga barko nito na naglalayag sa South-East Asia. Nakipagsundo ang mga British sa mga sultan ng mga isla sa paligid ng Strait of Malacca tulad ng Penang at Singapore upang makapagtayo sila ng daungan dito.
