Noong 1998, nanalo si Estrada sa halalan sa ilalim ng partidong Laban ngMakabayang Masang Pilipino (LAMMP). Nakakuha siya ng 10,956,610 boto o 39.6% nglahat ng boto.
"Erap Para sa Mahirap"
ang kaniyang islogan sa pangangampanya at
Bilang Pangalawang Pangulo, pinamahalaan ni Estrada ang Komisyon Laban saKrimen (
Presidential Anti Crime Commission
) mula 1992 hanggang 1997.