Sinakop ng Portugal ang Indonesia dahil sa mga sumusunod na dahilan:
1. Nais ng Portugal na maangking ang mga likas na yaman ng Indonesia, lalong lalo na ang mga spices (ang Spice Island na kilalang ngayon na Moluccas).
2. Nais ng Portugal na magkaroon ng isang trading post malapit sa Bansang Tsina at India at iba pang bansa sa Silangang Asya.
3. Nakapuwesto ang Indonesia sa isang mahalagang trading route. Para sa mga bansa sa Europa, kung sino man ang makakontrol ng Indonesia ay siyang mayhawak sa daanan ng mga trade sa pagitan ng Asya at Europa.
